A proposta de Bakugan: Battle Trainer é consideravelmente diferente do estilo que acompanhou a maior parte dos jogos da série. Em primeiro lugar, nada de arremessar bolinhas sobre cartas aqui. Em vez dissso, Battle Trainer assume um conceito mais parecido com os card games clássico, como Yu-Gi-Oh e Digimon — talvez um encontro dos dois explicasse melhor.
Animando a coisa toda, surgem os alienígenas. Um belo dia, eis que surge um tipo estranho, vindo do espaço a bordo de uma nave com as proporções de um meteoro. Ele então rouba os Bakugans e os leva para... bem, para o espaço. Cabe a você agora partir em busca dos monstrinhos roubados, que são recuperados através das batalhas.
Embora o estilo principal da série Bakugan tenha sido deixado de lado, ainda existe aqui um flerte com jogos de bola de gude. Para treinar os seus Bakugans, você será convidado a encarar uma série de minigames. Entre os objetivos, empurrar os monstrinhos através de um labirinto, ou guiá-lo em uma pista de obstáculos.
Cada sessão de treino aumenta consideravelmente o “G Power” de um Bakugan, o que vai torná-lo mais poderoso para a batalha. Os treinos também trazem diversos “powerups”, cada qual representando um bônus específico em campo de batalha. Alguns vão aumentar ainda mais o “G Power”, enquanto outros podem trazer vantagens para arenas específicas. Em suma: as melhorias fazem exatamente o mesmo que as tradicionais cartas, sendo a única diferença o fato de expirarem após uma utilização.
