Assim como nas edições anteriores da franquia Mystery Dungeon, aqui, você, um “reles” ser humano genérico, tem sonhos estranhos, no qual um Pokémon desesperado pede ajuda. Ao acordar, você percebe que foi transformado no Pokémon “X” — quer dizer, você pode escolher o monstrinho que lhe servirá como encarnação ao longo do game, em uma divertida proposta em terceira pessoa.
Uma vez definido o herói do seu jogo, você também será convidado a escolher um companheiro de aventura. Tanto a escolha do protagonista quanto do seu sidekick pode ser feita entre vários Pokémons. Oshawott, Axew e Snivy estão entre as possibilidades. Isso além do ícone onipresente, o Pikachu.
Assim como nos games anteriores, o diferencial aqui aparece nas Mystery Dungeons — níveis gerados aleatoriamente, todos cheios de Pokémons selvagens. A jogabilidade aqui se resume a um perambular perpétuo entre salas, corredores e andares, encontrando, eventualmente, criaturas hostis e prêmios variados. A ação é uma espécie de mescla entre batalha em turnos e movimentos em tempo real — com vários ataques mapeados para os botões da face do 3DS.
O game também faz uso da câmera do 3DS para lançar mão de recursos baseados em realidade aumentada (AR, na sigla em inglês). Ao selecionar o modo, o jogo pedirá que você encontre uma estrutura redonda. Uma vez que ela seja identificada, o game gerará automaticamente uma nova Mystery Dungeon.
