Esta versão é parte do dueto desenvolvido exclusivamente para o Nintendo DS, sendo que cada um representa uma das facções envolvidas no conflito intergalático entre os heróicos Autobots e os malignos Decepticons.
O enredo acompanha o início da guerra entre Autobots e Decepticons e sua luta pelo controle de Cybertron. Toda a trama é ambientada no planeta natal dos transformer e acontece antes do primeiro conta com a Terra.
Cada facção possui robôs com diferentes dimensões, forças e pesos, o que influi diretamente na batalha. Além disso, cada Transformer possui armas e habilidades específicas. Além das batalhas, o jogador também deve utilizar suas habilidades para pilotar os mais rápidos carros e aviões e ainda deve explorar o cenário em seções de plataforma.
