Em Warhammer 40.000: Kill Team, o jogador assume a pele de um dos membros dos Space Marine, guerreiros cuja função é proteger um gigantesco Império galáctico que passa por um período de declínio.
Dependendo de sua escolha, o jogador terá diferentes habilidades especiais que podem ser usadas contra os exércitos inimigos. Há desde guerreiros que são melhores no combate corpo-a-corpo até outros que podem aniquilar dezenas de inimigos sem precisar estar por perto.
É possível também juntar-se a um amigo no modo cooperativo e atravessar todos os estágios com a sua ajuda. Nesse modo, é possível formar equipes realmente destrutivas graças a possibilidade de utilizar as habilidades do companheiro a seu favor.
Os jogadores que completarem a primeira missão de Kill Team também desbloqueiam a Power Sword, um item exclusivo para outro game da franquia, Warhammer 40.000: Space Marine. Quem estiver a utilizando certamente já começa com uma boa vantagem nas disputas multiplayer.