O jogo chega com várias melhorias em relação ao título anterior, pois traz gráficos 3D e nova visão de câmera em primeira pessoa, permitindo que o jogador possa interagir diretamente com os animais, dando-lhes comida, banho e medicando-os — uma opção que barateia os custos, quando o orçamento está apertado.
Zoo Tycoon 2 apresenta três modos de jogo: a campanha, baseada no cumprimento de objetivos, o modo desafio, no qual o jogador tem um orçamento limitado, e o modo livre, em que é possível construir o zoológico dos seus sonhos, sem ter preocupações financeiras.
A jogabilidade simples, facilitada pelos menus acessíveis, o baixo nível de desafio e a extensa enciclopédia, que disponibiliza informações sobre todos os animais do jogo e seus habitats, fazem com que o título seja acessível a um público mais amplo, principalmente o infantil. Para os fãs de jogos do gênero, Zoo Tycoon 2 pode ser desestimulante por não exigir muita estratégia, pois é preciso seguir praticamente os mesmos passos para se obter sucesso do zoológico, independente do cenário escolhido.
